Incerta l'etimologia; qualcuno ricava dalla fonetica che possa derivare dal diminutivo di muscus, 
muschio, per definire una zona caratterizzata essenzialmente da freschi versanti collinosi disposti a Ovest, habitat ideale per specie vegetali di tal genere. Più facilmente spiegabili i toponimi delle varie terre o “ville” di cui è formato il suo vasto e variegao territorio: Castrezzone e Castello dal latino classico castrum e medievale castellum, manufatto fortificato per la difesa comune; Burago, Terzago, Morsone e Moniga da prediali (nomi di proprietari di fondi) latini di tradizione celtica; Longavina (antico Longavilla) e Cabianco da termini medievali o postmedievali con il significato di lungo caseggiato e bianco caseggiato.
Ritrovamenti effettuati dai ricercatori del Museo Gruppo Grotte di Gavardo attestano precise testimonianze di frequentazione dell'uomo preistorico sui versanti esterni del monte Faita riferibili al Paleolitico Medio (ca. 100 mila ani fa) e poi del Mesolitico (13.000-7.000 anni fa) e sul monte Cassaga e alle Tese di Castrezzone insediamenti dell’Età del Bronzo (2° millennio a.C.) e poi della seconda Età del Ferro (IV-II sec. a.C.). In età romana tutto il territorio fu sottoposto a cultura agricola con l’assegnazione di diversi fondi a personaggi anche di spicco, come i Noni che a Moniga del Bosco dedicarono un ara al dio Mercurio, ora murata nella scala di accesso alla chiesa di S. Rocco, in cui si legge: DEO MERC. M. NON. ARR. PAULINUS APER C. I. PRO SALUTE SUA V.S.L.M,". Il Labus avverte che Marco Nonio Apro Paolino era figlio del console Marco Nonio Macrino, fratello del console ordinario Marco Nonio Ario Muciano e cognato del console ordinario Lucio Roscio Paculo Elano. proprietari di beni a Concesio.
Il territorio era attraversato da un percorso alternativo della stessa epoca che, staccandosi dalla Via Gallica ( Milano-Bergamo-Brescia-Verona) a sud di Carzago, passava da Bottenago, Castrezzone, S.Quirico e Bocca di Croce, conducendo quindi alla Riviera e alla Valle Sabbia.
Sotto il profilo religioso dipese dalla Pieve di Gavardo, già capoluogo del pagus, ove il Cristianesimo si diffuse a partire dal IV secolo. propagandosi successivamente nei borghi vicini, fra cui appunto Muscoline, ove sorsero oratori, come quello antichissimo intitolato a S. Maria Assunta, eretto molti secoli dopo in parrocchia. Nel lX-X secolo, forse a difesa delle invasioni barbariche, sorse il Castello sullo spuntone roccioso della omonima località. Come nella vicina Valtenesi, in esso trovava rifugio la popolazione durante le incursioni delle genti calate dal nord fra cui particolarmente ricordate quelle degli Ungari. Dell'antico castello rimane solamente parte della cerchia muraria a N-O, addossata alla quale sorsero, verso il XV secolo, alcune abitazioni tuttora conservate e la torre, trasformata in campanile.
La vicenda storica di Muscoline risulta fortemente legata a quella di Gavardo e dei centri vicini; la popolazione soffrì, in particolare, per le molte battaglie che si svolsero intorno all'antica rocca di S. Martino, definitivamente distrutta nel XIII secolo dai guelfi bresciani. I rapporti con Gavardo non furono facili: Bruni Conter ricorda nelle sue memorie storiche, rifacendosi al Cosi, che già nel 1106 si verificarono cruenti scontri tra gli abitanti dei due paesi. I muscolinesi tramarono di sorprendere, notte tempo, i gavardesi per uccidere i principali nemici. “Di ciò però avvisati quei di Gavardo, tesero per via, sotto Limone, un'imboscata a quei di Muscoline nella quale in parte furono uccisi, in parte fuggirono e cinquanta furono fatti prigionieri e condotti a Gavardo furono tutti impiccati sulla pubblica piazza." Responsabile del misfatto sarebbe stato l'arciprete di Gavardo, certo Guglielmo, che fu arrestato e condotto in catene a Roma dal Papa per ricevere il castigo per tanta crudeltà; ma si tratterebbe di una mera invenzione. Vera, invece, l'inimicizia fra gli abitanti, che nemmeno la mediazione del vescovo Federico Maggi riusc1 a dissolvere. A questa rivalità risalirebbe l'espugnazione da parte dei guelfi benacensi del castello posto in cima al monte di Limone. Il nome della località ha creato non poche confusioni; taluni storici l'individuarono all'estremità del Garda bresciano, altri fra Gavardo e Muscoline. Scrive a questo proposito il Bruni Conter: " Sospetto che Malvezzi con la sua dizione "in cima al colle di Limone" abbia voluto indicare il fortilizio che doveva esistere sopra Limone, in località Terzago di Muscoline, di cui si scorgono ancora le vestigia nelle robuste muraglie sulle quali sorge l'attuale fabbricato rurale; fortilizio che poteva interessare i Benacensi in quanto guardava il loro confine, la cui linea passava proprio sotto di esso e che separava la bresciana dalla riviera, in virtù del trattato di Griusbenhunsen (1192)". Gia in epoca viscontea (XIV secolo) Muscoline entrò a far parte della riviera di Salò; assegnazione confermata con l'avvento della Repubblica Veneta nel 1426. 
Il '400 fu secolo importante per lo sviluppo delle borgate come attestano ancora alcune strutture superstiti, fra cui, nella zona a monte, sulla strada che conduce a Polpenazze, la casa signorile (successivamente divisa) caratterizzata da portico e da otto luci dell'elegantissima loggetta. Per iniziativa dell’Ordine Carmelitano, durante l’ultimo quarto del XV secolo, sorse a S. Quirico la chiesetta dedicata ai santi Quirico e Giulitta, rispettivamente figlio e madre martirizzati ad Àntiochia nel IV secolo, nel ‘700 intitolata alla Madonna del Carmine.
Al suo fianco venne edificato un piccolo monastero, soppresso nel 1656. La chiesetta si segnala per le proporzioni dei sostegni piuttosto alti e ispirate al verticalismo gotico e per il bel portale rinascimentale di gusto veronese. L'interno, a una sola navata scandita da tre arcate a sesto rialzato, presenta bellissimi affreschi della fine del '400 e dei primi ani del '500, tra cui quello firmato da Giovanni da Ulma, con la data 1497. Sono inoltre presenti quattro grandi tele con episodi del trapasso dei S. Francesco e della Vergine Maria, dei quali uno rientra nell’ambito della scuola tardomanierista bresciana del primo ‘600 e gli altri tre in quello della bottega del cremasco Barbelli, verso la metà del secolo. Fra il XV e XVl secolo furono costruite le chiese di S. G. Battista di Cabianco, ove è conservato il “Battesimo di Gesù'", opera di rilievo del bresciano Pietro Marone della fine del ‘500, di S. Pietro di Morsone, ove si ammira una interessante tela di Antonio Gandino con “ La consegna delle chiavi”, della Beata Vergine di Burago con una altra pala gandiniana “Madonna col Bambino e i SS. Giuseppe e Francesco”, di S. Rocco di Moniga del bosco. Il 25 settembre 1579, col decreto del vescovo, fu staccata dalla Pieve di Gavardo la chiesa di S. Martino di Castrezzone, eretta in parrocchia con giuspatronato dei Comizi, costruita nel 1506. Fra il ‘600 ed il ‘700 sorsero ben tre oratori privati, documentati con disegni che si conservano presso l'archivio vescovile di Brescia: nel 1693 quello di S. Giuseppe, di proprietà dei nobili Giuseppe e Giovanni Battista q. Carlo Bruni, nel 1789 quello di S. Maria delle Grazie di Terzago (ora territorio di Calvagese), di proprietà dei signori Pompeo e dei fratelli Nicolini, nel 1794 a Longavina, quello intitolato a S. Carlo Borromeo, di proprietà del nobile Giovanni Battista Conter.
Nel 1720 fu ricostruita la chiesa parrocchiale intitolata a S. Maria Assunta: una costruzione imponente, ad una sola navata, che richiama quella di Gavardo, successivamente ampliata e rifatta nella prima metà dell’Ottocento e poi ancora nel corso del Novecento. In essa sono conservate alcune pale di notevole interesse artistico, come la seicentesca “Assunzione della Madonna” del pittore milanese Giuseppe Nuvolone ed un’altra del pieno Cinquecento, di scuola morettesca. 
Il Settecento non è solo da ricordare per questa serie di edifici sacri: drammatico fu l'inizio del secolo allorché il territorio fu percorso dagli eserciti stranieri, durante la guerra di successione spagnola. Nel 1704 si accamparono sul monte Faita, tra Muscoline e Gavardo, gli Imperiali e nel 1705 vi pose il quartier generale Eugenio di Savoia, loro capo. Lo stato delle truppe era miserevole. I disertori si aggiravano per le contrade sottoponendo le popolazioni ad angherie e soprusi. Anche gli abitanti di Muscoline dovettero provvedere a rifornire di cibo i soldati e di biade gli animali. E poiché le scorte di grano si esaurirono presto, furono devastate le campagne. Sulla fine del secolo si verificò la caduta della Repubblica Veneta (1797) e l'avvento dell'era napoleonica; nel nuovo riordinamento territoriale il paese rimase legato a Gavardo. Anche i successivi eventi - tranne le esercitazioni austriache ricordate nel 1804 - lasciarono scarsa traccia nella vicenda storica del paese. Fra Otto e Novecento, personaggio importante fu Lorenzo Pavanelli (Brescia 1876 - ¬Muscoline 1945), ordinato sacerdote nel 1898, educatore e fondatore di una nuova scuola di catechismo, idea lanciata nel 1906 con la Federazione giovanile di tutte le opere educative e promotore dell'Opera diocesana ven.Luzzago.